万方本科查重费用与论文质量之间存在一定的关系。首先，查重费用的高低可能会影响到查重机构的专业性和严谨性，从而间接影响论文查重的结果。一些低质量的查重机构可能会因为费用低廉而忽略一些细节，导致查重结果不够准确。另外，一些免费的查重工具虽然费用为零，但其查重算法和准确度可能不如付费的万方查重服务。因此，选择一家正规、专业的查重机构，适当支付一定费用进行查重，有助于提高论文质量和学术水平。

此外，查重费用的高低也与查重服务的质量和速度有关。通常来说，一些收费较高的查重机构可能会提供更为专业、全面的服务，包括对论文结构、语言、逻辑等方面的指导和建议，从而提高论文质量。而一些免费或低价的查重工具可能只能提供简单的查重结果，缺乏深度的分析和指导。因此，在选择查重服务时，除了考虑费用因素外，还应该综合考虑服务质量、专业性等因素，以提升论文质量和学术水平。