万方本科查重费用是指在进行学术论文查重时所需支付的费用，其与学术评价体系的联系主要体现在以下几个方面：首先，学术评价体系注重学术诚信和学术规范，而查重费用是一种促进学术诚信的手段，通过支付查重费用，可以有效减少学术抄袭现象，提升学术水平；其次，查重费用的高低也反映了学术机构对学术诚信的重视程度，一般来说，对学术诚信要求严格的学术机构会提供较为严格的查重服务，并相应收取较高的费用；最后，查重费用的支付也可以被视为学术评价的一部分，因为学术诚信是评价学术成果的重要标准之一。

学术评价体系是指评价学术成果和学术水平的一套标准和方法体系。万方本科查重费用与学术评价体系的联系主要在于：首先，查重费用作为一种学术诚信保障机制，是学术评价体系中不可或缺的一环，能够有效减少学术不端行为，提升学术诚信度；其次，查重费用的高低也可以反映学术机构对学术质量和规范的重视程度，进而影响学术评价结果；最后，查重费用的支付也可以被视为学术投入的一部分，是评价学术研究绩效的重要指标之一。因此，万方本科查重费用与学术评价体系紧密相关，共同构建了学术界的规范和秩序。