万方本科查重费用在不同学科间的差异主要源于学科本身的特点和难易程度。一般来说，理工类学科的论文查重费用相对较高，因为这类学科的论文往往包含大量的数据分析和实验结果，需要更多的时间和精力来核实和比对。而文科类学科的论文查重费用相对较低，因为其论文内容更注重文献综述和观点阐述，相对容易进行查重。此外，不同学科的查重标准和要求也会影响到查重费用的差异。因此，不同学科间的查重费用差异是合理存在的。

此外，学科间的查重费用差异还受到市场供需关系的影响。一些热门学科的论文查重需求较大，查重机构也会相应提高费用以满足市场需求。而一些冷门学科的论文查重需求相对较少，查重费用也会相对较低。因此，学科间的查重费用差异不仅与学科本身的特点有关，还与市场因素密切相关。